▲ 分子动力学模拟

  分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，计算体系的热力学量和其他宏观性质。引入量子力学方法后，可将研究领域进一步扩展到反应机理的研究。

  分析配体-受体复合物体系的相互作用机制:相互作用模式、诱导契合效应、蛋白骨架运动;
  预测活性小分子的结合自由能，阐明机理或指导结构改造;
  优化蛋白结构，如对同源模建得到的结构进行结构优化。