免疫共沉淀（co-IP）是常用的蛋白质相互作用检测方法，它通过特异性抗体识别目标蛋白质并利用固相吸附的方法将其与靶蛋白一起共沉淀。对于免疫共沉淀（co-IP）实验有很多种常见的问题，下面将对这些问题进行解答：

1、免疫共沉淀（co-IP）实验中样品处理？

在免疫共沉淀（co-IP）实验中，样品处理非常重要。选用的蛋白裂解液或蛋白提取液不能破坏目的蛋白的结构，不能是目的蛋白变性；另外，如果样品中存在大量的蛋白质，可以选择使用高效低含盐度的洗涤缓冲液来减少背景噪声，保持目标蛋白的活性。并在样品处理中减轻溶解条件，尤其是避免使用过多的洗涤剂和强去蛋白剂将蛋白质分解或使结构发生改变等。

2、免疫共沉淀（co-IP）实验中如何选择抗体？

co-IP实验中选择抗体是关键。可以先通过文献调查、生产商推荐或自主试验等方式来鉴定高质量的特异性抗体，特别是在进行共沉淀实验之前必须测定该抗体的特异性，以确保它能专门识别目的蛋白。

3、免疫共沉淀（co-IP）实验中如何避免假阳性结果的影响？

为了降低假阳性结果的影响，我们进行实验时会加入对照组。比如阴性对照，利用抗体对应的不含靶标蛋白的蛋白进行处理，排除抗体抗原对实验的影响。

4、免疫共沉淀（co-IP）实验中如何评估实验成功率？

可以通过Western blot检测样品中的目的蛋白来进行评估。阴性对照组Input中应该要检测到IP和co-IP的目的蛋白，而在洗脱液中检测不到co-IP的目的蛋白，在这样的对照下再去评判两个目的蛋白之间能否发生互作。